Como un punto de avanzada hacia el oriente y tras la búsqueda del mítico "Dorado", los conquistadores españoles determinaron la fundación de la Ciudad de San Juan de la Frontera de los Chachapoyas, la misma que materializó el Capitán Don. Alonso de Alvarado el 5 de Setiembre del año 1538, en virtud de la Provisión expedida por el Marqués Dn. Francisco Pizarro el 28 de junio del mismo año.

El mismo día, se procedió a la designación de sus autoridades, recayendo los cargos de alcaldes y regidores en las personas de Gómez de Alvarado, Alonso de Chavez, Gonzalo de Trujillo, Gonzalo de Guzmán, Luis Valera, Pedro Romero, Bernardino de Anaya y Francisco de Fuentes.

La primera ubicación de la ciudad fué el Señorío de la Xalca o Jalca, señorío del Cacique Cuts, posteriormente y por diversos motivos entre los que se encontraban el clima, las enfermedades y la lejanía de tierras de cultivo, fúe trasladada a Levanto y finalmente al lugar que hoy ocupa, bajo la tutela del gran Puma Urco.

Toda la zona estaba poblada en ese entonces por los Chachapoya, tierra de "Los mas blancos de todas las naciones de los Reinos del Perú i las Mujeres tan Hermofas, que las llevaban para los Ingas", bravía raza que dejó por estas tierras invalorables monumentos de la talla de Kuélap, Revash, Tella, Macro, Machupirca Gran Vilaya y alrededor de setecientos testimonios arqueológicos.

Es así que Chachapoyas se convierte en el punto de acceso a la selva y de ella parten las expediciones que culminarían con la fundación de las ciudades de oriente, pueba de ello es que todas las cuales tienen como fiesta principal la de San Juan, originariamente tembién Patrón de Chachapoyas y muchos de los apellidos originarios de esta ciudad se encuentran en ciudades como Moyobamba, Rioja, Tarapoto y otras.

Durante la Guerra de la Independencia, Chachapoyas abrazó decididamente la causa patriota, librandose muy cerca de ella, en las Pampas de Higos Urco, una de las batallas decisivas para la consolidación de la Independencia Nacional.

A la fecha, Chachapoyas con sus más de cuatrocientos años, es la capital del Departamento de Amazonas, una ciudad acogedora y tranquila, rodeada de hermosos paisajes naturales, de clima templado, casonas llenas de historia y gente amable, que mira el futuro con las esperanzas puestas en el desarrollo de la actividad turistica y una agricultura alternativa como pilares del bienestar social y economico.